本校在一九九四年創辦，為一所政府津貼男女中學，位於將軍澳集福路，佔地廿四萬平方呎。透過學校改善工程計劃，一座樓高五層之新翼已於二零零三年九月落成並正式啟用。本校設備完善，全校房間均設空調，大部分課室及專室均安裝投影機、電腦及實物投影機。資訊網絡及數碼直播系統覆蓋全校。本校現有兩個籃球場、兩個有蓋操場、甲子農莊、大小禮堂各一、兩間多用途活動室、數碼LED WALL、一間面積特大的圖書館、兩間電腦室、及十三間特別專室，包括Technology Learning Center(科技研習中心)、STEM創客教室、Careers Corner(升學就業資源角)、生物實驗室、化學實驗室、物理實驗室、美術室、音樂室、體育健身室及由賽馬會幸福校園實踐計劃資助設立的「悅心天地」等。

二零一三年，本校獲何玉清女士命名捐款港幣壹仟又伍拾萬元正，以增善本校設施、增設獎助學金、資助學生交流學習計劃及教師專業發展等等。本校感謝何玉清女士認同學校的發展歷程及方向，並同意新校名為「保良局甲子何玉清中學」。同時，我們亦要感謝校監梁寶珠主席及保良局壬辰年董事會之用心，成就本校命名一事，使能增擴學校資源，讓莘莘學子受惠。本校於二零一三年三月二十六日舉行保良局甲子何玉清中學命名典禮，並恭請時任教育局副局長楊潤雄先生蒞臨主禮。